科学特搜队总部接到一个打给伊初队员的电话，伊初对着电话说了几句听不懂的话后挂断。

他向队员们解释，三十八个小时前，因岚队员呼噜声太大，他一首无法入睡，好不容易睡着，警报声又响起。

队长村松敏夫告知队员，东京上空出现不明电波又瞬间消失，早田己前往调查。

经定位，电波消失位置在东京正中心的御旅屋，且巴黎总部回复当天没有国家发射卫星。

村松队长让队员们出动，岚队员因穿错鞋被伊初嘲笑，岚一脚踩爆伊初左脚。

岚队员在赶往现场途中，得知羽田机场上方有飞行速度五马赫的火球，他决定先去查看。

之后岚队员到达御旅屋，让偷偷跟来的星野在屋外待命并与本部保持联络。

岚队员进入屋内，发现一个一首在响的电话，旁边有个人做着拿电话的动作却一动不动。

岚队员联系星野让其通知本部，然后继续在屋内探查。

突然，一个诡异身影出现，岚队员本能开枪，身影瞬间消失又从另一端出现，用大钳子对岚队员放了一道红光，岚队员失去意识前发现身影变成了多个。

科学特搜队其他人来到御旅屋，早田等人进屋后发现更多一动不动的人，早田还在楼梯上发现了岚。

此时，巴尔坦星人出现，早田开枪射击但无效，巴尔坦星人消失后又出现在早田背后，早田反应迅速闪到一旁，再次开枪无果后决定撤退。

特搜队召开紧急会议，共同商讨应对之策。

村松队长深思熟虑后，提议尝试与对方进行对话，在别无他法的情况下，众人纷纷表示赞同。

伊初凭借其聪明才智，自创了一套“宇宙语”，随后与早田一同再度前往御旅屋。

然而，伊初却被镜子中自己的模样吓得不轻，最终还是不幸被使出影分身的巴尔坦星人所俘虏。

在天台上，巴尔坦星人附身岚队员向早田和伊初讲述来到地球的理由，称巴尔坦星因科学家的核实验被炸毁，他们流离失所，此次是为了寻找宜居星球并修复飞船，还表示飞船上有二十亿三千万个巴尔坦星人，他们打算在地球上住下来。

早田提议他们去住火星，被拒绝，巴尔坦星人最终暴露了占领地球的野心。

早田洞察到巴尔坦星人的真实面目并发动攻击，负伤的巴尔坦星人身形变得巨大，其钳子一挥，便将早田扫至顶楼边缘。

地面部队发射导弹轰击巴尔坦星人，然而，尸体之上竟又冒出一个全新的巴尔坦星人。

巴尔坦星人以钳子点燃附近大楼后扬长而去，早田的贝塔魔棒不慎被扫落楼下。

早田毅然跳楼取回贝塔魔棒，成功化身为奥特曼。。奥特曼与巴尔坦星人于空中展开激战，巴尔坦星人以狡诈之术挣脱奥特曼的抱锁，继而打爆数个煤气罐。

奥特曼落地后，趁势释放斯派修姆光线，一举击败巴尔坦星人。

紧接着，奥特曼运用透视眼寻觅到巴尔坦星人的飞船，将其推离地球大气层后引爆。